Počátky firmy Watrex Praha jsou spjaty s firmou Waters Division of Millipore. Firma Watrex byla založena v roce 1990 Milanem Minárikem, jako první soukromá firma reprezentující zahraničního výrobce chromatografických přístrojů na území tehdejší ČSFR. Po dosažení vedoucí pozice v prodeji HPLC přístrojů na domácím trhu, přesáhl rozvoj firmy jak po personální stránce, tak i šíří aktivit omezený rámec obchodního zastoupení firmy Waters a proto byl kontrakt s touto firmou ukončen a od druhé poloviny roku 1991 se firma Watrex profilovala do standardní podoby distributora chromatografických přístrojů a příslušenství. Uzavřela postupně distributorské kontrakty s firmami LDC Analytical (pozdější TSP a nynější ThermoFinnigan), Rheodyne, Jour Research, Hewlett-Packard, Macherey Nagel, Supelco, Grom/Alltech/Grace, Shodex, Tosoh, Polymer Laboratories, Knauer, Sunchrom, ILS, GL Science, Optimize, SMI LabHut, Spark Holland, LabAlliance, Sequant, FasTech Dr. Maisch, Radleys, Purite a dalšími.
V roce 1993 firma přesídlila do vlastního objektu v Hošťálkově ulici č. 42, v Praze 6 , následně byla vybudována aplikační laboratoř, zahájena výroba počítačů, založena leasingová divize a importní oddělení pro dovoz chemikálií a laboratorních přístrojů. V roce 1994 se firma Watrex dostala prodejem 22 HPLC systémů na první příčku v České republice a po několik dalších let si tuto pozici udržovala. V roce 1995 byla založena dceřiná firma Watrex Bratislava s.r.o., která otevřela vstup na slovenský trh a o rok později Watrex International v New Yorku. Na konci milénia byl zahájen vývoj a výroba přístrojů. Nejprve to byly doplňkové komponenty pro LC, jako např. solvent saver, column oven, automatic valve station, ion suppressor, popřípadě softwaroré řízení LC modulů, v současné době je seriově vyráběn UV detektor a celá řada čerpadel. V roce 2002 byl úspěšně dokončen vývoj robotického manipulátoru pro DNA analyzátor MegaBACE firmy Amersham Biosciences a do konce roku 2003 bylo prodáno 23 robotů do zemí EU, USA, Austrlie a Číny (Taiwan). Tento manipulátor dostal řadu ocenění (Zlatý Chemtec 2003, Inovace roku 2003).
Strategie firmy je založena na vysoké odbornosti vedoucích manažerů, kteří mají úspěšnou praxi ve vědeckých a výzkumných institucích. Ze třinácti pracovníků firmy je pět doktorů či inženýrů, 2 s kvalifikací CSc. nebo Ph.D. V letech 1990-2000 zorganizoval Watrex 10 mezinárodních chromatografických seminářů, na nichž se v roli plenárních lektorů vystřídala značná část světové chromatografické elity. V roce 2004 Watrex ve spolupráci s Genomac Int. zahajuje komerční aktivity v oblasti DNA analýzy. Na veletrhu Analytika Mnichov 2004 vystavil svůj d-HPLC přístroj (denaturating HPLC). Obrat firmy se pohybuje trvale v rozmezí 50-80 milionů Kč a v roce 2005 byl zahájen vývoz HPLC přístrojů do Asie.
